Die Exzellenzinitiative ist nicht unumstritten, da sie nur einige wenige Hochschulen berücksichtigt, anstatt die gesamte deutsche Hochschullandschaft zu fördern. Deshalb möchte Bildungsministerin Johanna Wanka ein Programm aufsetzen, dass auch die kleineren Universitäten und Fachhochschulen unterstützt. "Das geht nur gemeinsam in einer Bund-Länder-Vereinbarung, dazu sind wir gerade im Gespräch", erklärte Wanka der Deutschen Presse-Agentur. Erste Informationen zu den Details und dem geplanten Finanzvolumen werden nach diesen Verhandlungen bekanntgegeben.
 
Dieses Förderungsprogramm soll die Exzellenzinitiative aber weder ersetzen, noch in irgendeiner Form abschwächen. Sie ist als Ergänzung zu den bestehenden Maßnahmen geplant. "Wir haben die Exzellenzinitiative - da geht es um Förderung von wirklicher Spitzenforschung, daran wollen wir keine Abstriche machen. Andererseits haben wir eine reiche Hochschullandschaft mit vielen Leistungen auf anderen Gebieten, etwa Fachhochschulen und kleinere Universitäten. Deswegen möchte ich eine weitere Fördermöglichkeit für Hochschulen entwickeln.", sagt Wanka.
 
Eine Expertenkommission hatte Ende Januar die Empfehlung ausgesprochen, die Bund-Länder-Förderung bis 2028 mit mindestens gleicher Finanzausstattung fortzusetzen, wie die Exzellenzinitiative. Eine Entscheidung diesbezüglich wird voraussichtlich im Juni fallen, wo die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz von Bund und Ländern der Ministerpräsidentenkonferenz einen konkreten Vorschlag vorlegen wird.